Su construcción data de 1740, y consta de un edificio principal y 6 capillas adjuntas, que se construyeron en un periodo de un poco mas de 30 años y que fue fundada por el padre Luís Felipe Neri de Alfaro, cuenta con mas de 200 piezas de arte religioso, los murales en techos y paredes se atribuyen al pintor Antonio Martínez de Pocasangre y cuenta con esculturas de tipo barroco de ornato laborioso y esplendido, este tesoro artístico cuenta con la estatua venerada del señor de la columna y es desde su fundación hasta la actualidad lugar de adoración y peregrinaje.
El santuario forma parte de nuestra historia de independencia, fue en este templo donde el padre de la patria tomo el primer estandarte de la guerra del altar principal, un lienzo con la imagen de la virgen de Guadalupe que ahora se encuentra en el museo nacional de antropología e historia también fue escenario de la boda de don Ignacio de Allende con doña Maria Agustina de las Fuentes el 10 de Abril de 1802 y hoy nombrado al igual que San Miguel de Allende Patrimonio Cultural de la Humanidad.